فعالیت های پژوهشکده اسلام تمدنی در سال های اخیر، در راستای مأموریتش « تأمین پشتوانه‌های علمی تمدن نوین اسلامی- ایرانی از طریق نگرش به اسلام به مثابه دین تمدن‌ساز و توانمند در برپایی جامعه متعالی» بر مسئلۀ چهار ضلعیِ «علم، معنویت، هنر و نظام سازی» تمرکز یافته است.